공매도 제도는 지난 2년간 “전면 금지 → 전산시스템 구축 → 전면 재개”라는 큰 사이클을 지나왔고, 2026년 9월 현재는 재개 1년 반 정도가 지난 시점입니다. 흐름을 정리해드릴게요.

1. 타임라인 — 전산화가 재개의 전제조건이었습니다

• 2023년 11월: 상장 전 종목 공매도 전면 금지
• 2024년 6월: 금융당국이 ‘공매도 제도개선 방안’ 발표 — 무차입 공매도 방지를 위한 전산시스템 구축을 재개의 조건으로 못 박음
• 2024년 9월: 개정 자본시장법에 무차입공매도 방지조치 세부사항 반영
• 2024년 12월: 금감원 공매도 등록번호 발급시스템 개발 완료·가동
• 2025년 3월 31일: 5년 만에 공매도 전면 재개 + 한국거래소 ‘공매도 중앙점검시스템(NSDS)’ 동시 가동

NSDS의 구조는 이중 감시망입니다. 기관투자자는 자체 ‘잔고관리시스템’으로 종목별 매도가능잔고를 실시간 산정해 잔고초과 매도주문을 사전 차단하고, 거래소의 NSDS는 시간대별 잔고를 상시 점검해 불법 공매도를 즉시 적발하는 구조입니다. 재개 시점 기준 무차입공매도 방지조치 요건을 갖춰 재개가 가능한 법인은 총 107개사였고, 이 중 21개사가 전산화 방식, 86개사가 차입 증권을 사전 입고하는 방식을 택했습니다. 처벌도 대폭 강화되어 불법 공매도 부당이득액이 50억원 이상이면 무기징역까지 가능해졌습니다.

참고로 무차입 공매도 자체는 여전히 전면 금지이며, 이번에 재개된 것은 ‘차입 공매도(합법)’입니다.

2. 재개 1년여, 실제 수급은 어떻게 흘렀나

공매도 재개 전후 외국인 수급 전환 (2025.3 재개

외국인이 공매도를 주도하며 특정 업종에 쏠림이 이어지고 있습니다. 재개 1년여가 지난 2026년 4~5월 집계에서 공매도 과열경보가 122건 발령됐고, 하루 공매도 거래대금이 최대 3조 5000억원에 달할 만큼 외국인 주도의 공매도 압력이 계속되고 있습니다. 리츠·코스닥 중소형주에 특히 공매도가 집중되는 양상이 이어지면서, 당초 재개 직후 2개월 한시로 운영하려던 ‘공매도 과열종목 지정제도’가 연장을 거듭하며 지금까지도 이어지고 있습니다.

동시에 흥미로운 역전 현상도 나타났습니다. 외국인은 2026년 들어 상장주식을 4개월 연속 순매도했고(4월 한 달만 4조 460억원 순매도), 올해 누적으로는 100조원 이상을 순매도했음에도 불구하고 외국인 지분율은 오히려 상승했습니다. 이는 순매도 자체보다 삼성전자·SK하이닉스 같은 시가총액 비중이 큰 종목의 비중 확대 효과로 해석됩니다. 특히 삼성전자의 경우 2026년 들어 주가와 외국인 보유주식수의 상관관계가 -70%까지 역전되는 특이한 패턴을 보였는데, 이는 주가가 오르는데도 외국인이 일관되게 매도했다는 의미입니다.

개인투자자가 시장의 완충재 역할을 하고 있습니다. 코스피가 2025년 한 해 76% 상승한 데 이어 2026년 6월 초까지 누적 108.85%까지 치솟았다가 이후 조정 국면에 들어간 구간에서, 외국인 매도로 인한 변동성 확대를 개인 순매수가 상당 부분 흡수하는 모습이 나타났습니다.

3. 개인투자자 접근성 개선도 함께 진행

공매도 재개와 함께 개인투자자에게 제공되는 신용공여대주 서비스의 담보비율이 기존보다 낮아진 105%로 조정되어, 기관투자자와 유사한 수준으로 맞춰졌습니다. 이는 개인의 공매도 접근성을 다소 높이는 방향의 변화입니다.

요약

공매도 재개 자체는 이미 1년 반 전에 끝난 이슈고, 2026년 현재의 핵심 논점은 **”전산화가 실제로 불법 공매도를 얼마나 막고 있는가”**와 **”외국인 주도 공매도가 특정 업종(리츠·코스닥 중소형주)에 쏠리는 구조가 언제까지 지속될 것인가”**로 옮겨간 상태입니다. 동시에 외국인 순매도에도 지수 비중 효과로 지분율이 오르는 현상처럼, 표면적인 수급 지표만으로는 시장을 오독하기 쉬운 구간이라는 점도 유념할 만합니다.